যানজটে শারীরিক ও মানসিক স্বাস্থ্যের ক্ষতি হয়ে থাকে। দীর্ঘক্ষণ যানজটে পড়ে থাকলে যাত্রীদের মেজাজ খিটখিটে হয়ে যায় এবং উদ্বেগ বাড়ে। এতে রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা কমে যায়। যানজটের কারণে রক্তচাপ বাড়ে; ফুসফুস ক্যানসার ও শ্বাসকষ্টের ঝুঁকি দেখা দেয়। কিডনি, হৃদরোগ ও প্রজননতন্ত্রেরও ক্ষতি সাধিত হয় যানজটের কারণে।
যানজটে এমন মানসিক চাপ তৈরি হতে পারে যে, সংশ্লিষ্টের হার্ট অ্যাটাক পর্যন্ত হতে পারে। আরেক ধরনের সমস্যা হচ্ছে, বিশেষত নারী যাত্রীর প্রাকৃতিক চাপ তৈরি হলে তার কিছু করার থাকে না। অথচ প্রাকৃতিক চাপকে অগ্রাহ্য করলে এর পার্শ্বপ্রতিক্রিয়া হতে পারে মারাত্মক। এতে কিডনি ক্ষতিগ্রস্ত হওয়ার আশঙ্কা প্রবল। যানজটে আটকে থেকে অনেক চালক অহেতুক হর্ন বাজিয়ে তৈরি করছে শব্দদূষণও।
